C'est à l'étage supérieur qu'ont lieu, aujourd'hui encore, les levées des défunts avant leur inhumation.
Monument fédéral protégé
L'ossuaire est classé monument fédéral et a été rénové en douceur entre 1985-1988, selon le principe que diverses modifications ultérieures ont été remises dans leur état d'origine.
L'impressionnant mur de crânes est principalement composé d'ossements provenant de l'ancien cimetière, qui était aménagé autour de l'église jusqu'en 1869. Certaines têtes de mort portent le nom de personnes décédées et plus d'un Natien sait encore aujourd'hui à quel endroit se trouve le crâne de ses ancêtres. Sur la base de calculs, on suppose qu'il y a environ 31'000 crânes dans l'ossuaire, dont 1'857 sont visibles sur la façade. Ce nombre énorme a même surpris les experts.
Protégé contre le vol
Pour lutter contre le vol des crânes, l'ouverture vers le nord a été fermée par des barreaux.
L'inscription "Ce que vous êtes, nous l'étions / Ce que nous sommes, vous le deviendrez" doit rappeler aux croyants le caractère éphémère de l'existence terrestre.